Em alguns momentos da série, os personagens concentram suas reservas de chakra de forma visível. Graças a isso, é possível perceber a existência de diferentes tipos de chakra:
Chakra Normal/Azul:
O chakra comum é mostrado de duas formas diferentes na série – no mangá, é dito como tendo cor amarela; no anime, esse tipo de chakra é sempre mostrado como azul claro. Qualquer ninja é capaz de produzir esse tipo de energia, mas a quantidade presente em cada ser humano varia. {spoiler} Por exemplo, Hatake Kakashi afirma que Uzumaki Naruto tem uma reserva de chakra três vezes maior do que a dele, mesmo sem contar com a Kyuubi. {spoiler}
Chakra do Selo Amaldiçoado/Roxo:
Os ninjas que ativaram o selo amaldiçoado de Orochimaru passam a usar um chakra roxo em vez do normal. O próprio Orochimaru também usa chakra dessa cor.
Chakra do Shousen no Jutsu/Verde:
O jutsu médico que os medinins mais utilizam para curar é o Shousen no Jutsu – ao utilizar esse jutsu, o chakra do ninja adquire uma tonalidade verde claro. Basicamente, os tipos de ferimentos que os ninjas médicos podem curar depende da habilidade de cada um.
Chakra da Kyuubi/Vermelho:
Além disso, à medida que o poder do bijuu é liberado, caudas passam a brotar. Quanto mais caudas, mais espessa fica a camada de chakra, e mais violento e inconsciente das próprias ações fica o jinchuuriki. No estágio das quatro caudas – que foi o máximo mostrado até agora – o poder é tão grande que destrói a pele do rapaz. O sangue se mistura com o chakra e cobre todo o corpo de Naruto, tornando-o uma versão da Kyuubi em miniatura. Nessa situação, Naruto perde noção de si mesmo e ataca aliados e inimigos indiscriminadamente.
Chakra do Clã Hatake/Branco:
Ao utilizar o tanto (uma espada curta que ele carrega nas costas), que é herança de família, Hatake Kakashi (e também seu pai, Hatake Sakumo) deixam um rastro de chakra branco oriundo da lâmina.
Chakra da Kujaku Myouhou/Lilás:
Apesar de esse chakra tornar possível realizar os jutsus especiais de Hoshigakure, o treinamento com o meteoro danifica bastante o corpo e diminui a expectativa de vida. Nem todos os shinobis da vila suportaram esse processo.
Chakra Sennin/é um elemento da natureza
Chakra Sennin (Energia Vital Eremita) é a forma de chakra mais poderosa que uma pessoa pode vir a ter. Diferentemente dos outros chakra’s, que utilizam duas fontes para sua formação (a Força Espiritual e a Força Física – Stamina), o Chakra Sennin utiliza três fontes, a Energia Espiritual, a Energia Física (Stamina), e a mais importante a Energia da Natureza, que pode ser obtida a partir de qualquer elemento da natureza, do ar, do chão, das plantas, dos animais. Esse tipo de chakra possibilita o uso do tipo mais poderoso de Jutsu, o Senjutsu. A formação desse tipo de chakra é ensinada pelos Sapos Eremitas da Montanha Myoboku.