Liderada por Pein, depois revela-se que os criadores da organização foram Uchiha Madara e o próprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-ins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuus, criaturas compostas unicamente de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização, e também pelas mortes de Hidan, Kakuzu, Deidara, Uchiha Itachi e Akasuna no Sasori sendo este último substituído por Tobi, e ainda pela saída de Konan da organização junto a Pein.
Cada membro da Akatsuki possui um Hitaiate (em japonês: ? Bandana) de seu vilarejo de origem com um risco transversal feito para simbolizar a deserção e o ódio por sua vila natal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas. Cada anel possui um símbolo diferente: 臨, 兵, 闘, 者, 皆, 陳, 裂, 在, 前.
Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos Bijuus e hospedeiros, os ditos Jinchuurikis. O Bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção astral, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do Bijuu é extraído de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.
O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a jóia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído oficialmente, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.
Atualmente a Akatsuki se fundiu com a Equipe Taka (Falcão), para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Para selar o acordo de parceria, Madara Uchiha/Tobi designou a missão de capturar o Jinchuuriki do Hachibi a Hoshigaki Kisame, já que Uchiha Sasuke e seu time não conseguiram capturá-lo. Porém Suigetsu, Karin e Juugo não são oficialmente membros, já que não possuem os anéis.
Hoshikage Kisame e
Uchiha Itachi
A primeira dupla da Akatsuki a aparecer, antes mesmo da série revelar quaisquer informações relevantes sobre a organização. Os dois parecem trabalhar em harmonia, nunca foi mostrado nenhum atrito ou desavença entre eles. No entanto, Itachi demonstra ter alguma autoridade sobre Kisame, que normalmente segue as instruções do colega imediatamente. O trabalho em equipe é notável, superando as diferenças entre as personalidades, ambições e estilo de luta de ambos.Deidara e
Tobi
Orochimaru e
Akasuna no Sasori
Antes do início da série, o Sannin e o mestre das marionetes formavam uma dupla. Foi, inclusive, Sasori quem “deu” Yakushi Kabuto para o ex-colega (e depois usou o iryuunin como espião para a Akatsuki, acreditando que ainda tinha um jutsu de controle mental sobre Kabuto).Hidan e
Kakuzu
Essa dupla foi apelidada de “Os Imortais” pelos fãs da série, já que os dois personagens possuíam técnicas que os tornavam quase indestrutíveis. De fato, foi essa “imortalidade” que permitiu Hidan sobreviver tanto tempo ao lado de Kakuzu, que ameaçava o colega de morte a toda hora. Hidan era passional, bastante “devoto” à sua religião, e Kakuzu era calculista, completamente movido a dinheiro, enfim, a dupla brigava frequentemente.
Pain e
Konan
A última dupla a aparecer contém a única mulher da organização. Os dois agem em sincronia um com o outro, por Konan ser submissa às ordens de Pain, e pelo fato dos dois serem completamente focados em um objetivo em comum.
Zetsu
Zetsu é uma criação de Uchiha Madara(tobi), que age sozinho, levando ordens para os outros membros ou espionando os adversários. Também mostrou ser capaz de gravar o que vê (habilidade bastante utilizada por Tobi).
Zetsu